W pierwszej fazie choroby tj. fazie ostrego zapalenia wątroby typu C tylko około 30% zakażonych osób obserwuje objawy, które zwykle nie sugerują choroby wątroby. Na tym etapie u około 20% zakażonych dochodzi do wyeliminowania wirusa bez leczenia. Dowodem przebytego zakażenia jest obecność we krwi przeciwciał anty-HCV. Ostre zapalenie wątroby prowadzi do bliznowacenia tkanki wątroby (włóknienie) przechodząc w fazę przewlekłą. Najczęściej stosowane w ocenie włóknienia skale wyróżniają trzy stopnie włóknienia – nieznaczny, średni i ciężki.

Wtedy też u części osób pojawiają się pierwsze objawy: nudności, bóle stawów, mięśni, uczucie niepokoju. Ciągłe namnażanie się wirusa powoduje zapalenie wątroby, którego wykładnikiem jest podwyższenie aktywności enzymów wątrobowych we krwi. Nasilający się proces włóknienia może po dłuższym czasie doprowadzić do marskości wątroby, która jest głównym czynnikiem ryzyka rozwoju raka wątrobowokomórkowego.