Typową cechą zakażenia HCV jest jego bezobjawowy przebieg, trwający niekiedy wiele lat.
Tylko u 20% chorych obserwuje się zażółcenie powłok skórnych, brak łaknienia lub bóle brzucha. Niekiedy u zakażonych HCV występują objawy mało swoiste dla choroby wątroby, co nie ułatwia postawienia trafnej diagnozy. Należą do nich na przykład długotrwałe zmęczenie, senność, apatia, czy stany depresyjne. Czasami pojawiają się bóle stawów, mięśni oraz zmiany skórne.
Choroba potrafi nawet przez kilkadziesiąt lat pozostawać w ukryciu. W tym czasie skutecznie niszczy wątrobę chorej osoby. Wykrywa się ją często przypadkowo lub po wielu latach w momencie rozpoznania poważnych zmian wątrobowych.
U co najmniej 20-30% chorych z przewlekłym zapaleniem wątroby dochodzi do rozwoju marskości wątroby, a wiadomo, że każda postać marskości, niezależnie od jej etiologii, grozi rozwojem raka wątrobowo-komórkowego, poprzedzonego poważnymi komplikacjami, uniemożliwiającymi normalne funkcjonowanie organizmu (wodobrzusze, żylaki i krwawienia przełyku, żółtaczka, problemy z krzepliwością krwi, zaburzenia psychiczne, do śpiączki wątrobowej włącznie).
Odrębnym problemem są tak zwane pozawątrobowe objawy zakażenia HCV, wśród których na plan pierwszy wysuwa się krioglobulinemia.